深圳地铁5号线工作日、休息日和节假日运营时间稍有差异，部分节假日还会额外发布延长运营通告，届时需以最新通告时间为准。
| 深圳地铁5号线运营时刻表 | ||||||||||||
| 车站 | 往 赤湾 方向 | 往 黄贝岭 方向 | ||||||||||
| 工作日 | 休息日 | 节假日 | 工作日 | 休息日 | 节假日 | |||||||
| 首班车 | 末班车 | 首班车 | 末班车 | 首班车 | 末班车 | 首班车 | 末班车 | 首班车 | 末班车 | 首班车 | 末班车 | |
| 黄贝岭 | 6:02 | 23:00 | 6:14 | 23:00 | 6:14 | 0:00 | -- | -- | -- | -- | -- | -- |
| 怡景 | 6:04 | 23:02 | 6:16 | 23:02 | 6:16 | 0:02 | 5:58 | 0:30 | 6:10 | 0:29 | 6:10 | 1:29 |
| 太安 | 6:07 | 23:05 | 6:19 | 23:05 | 6:19 | 0:05 | 5:55 | 0:27 | 6:07 | 0:26 | 6:07 | 1:26 |
| 布心 | 6:09 | 23:07 | 6:21 | 23:07 | 6:21 | 0:07 | 5:53 | 0:25 | 6:05 | 0:24 | 6:05 | 1:24 |
| 百鸽笼 | 5:54 | 23:10 | 6:06 | 23:10 | 6:12 | 0:10 | 5:50 | 0:22 | 6:03 | 0:21 | 6:03 | 1:21 |
| 布吉 | 5:56 | 23:10 | 6:08 | 23:12 | 6:14 | 0:12 | 5:56 | 0:22 | 6:00 | 0:19 | 6:00 | 1:19 |
| 长龙 | 5:58 | 23:12 | 6:10 | 23:14 | 6:16 | 0:14 | 5:54 | 0:20 | 5:58 | 0:17 | 5:58 | 1:17 |
| 下水径 | 5:54 | 23:14 | 5:54 | 23:16 | 6:18 | 0:16 | 5:52 | 0:17 | 5:56 | 0:15 | 5:56 | 1:15 |
| 上水径 | 5:49 | 23:16 | 5:56 | 23:18 | 6:20 | 0:18 | 5:50 | 0:13 | 5:54 | 0:13 | 5:54 | 1:13 |
| 杨美 | 5:53 | 23:18 | 5:59 | 23:21 | 6:23 | 0:21 | 5:54 | 0:10 | 5:51 | 0:10 | 5:51 | 1:10 |
| 坂田 | 5:55 | 23:22 | 5:49 | 23:23 | 6:13 | 0:23 | 5:53 | 0:08 | 5:49 | 0:08 | 5:49 | 1:08 |
| 五和 | 5:50 | 23:26 | 5:51 | 23:25 | 6:15 | 0:25 | 5:50 | 0:06 | 5:55 | 0:06 | 5:55 | 1:06 |
| 民治 | 5:53 | 23:29 | 5:55 | 23:29 | 6:19 | 0:29 | 5:55 | 0:03 | 5:52 | 0:02 | 5:52 | 1:02 |
| 深圳北站 | 5:55 | 23:31 | 5:57 | 23:31 | 6:21 | 0:31 | 5:53 | 0:01 | 5:49 | 0:00 | 5:49 | 1:00 |
| 长岭陂 | 5:56 | 23:35 | 5:55 | 23:35 | 5:55 | 0:35 | 5:49 | 23:57 | 5:53 | 23:56 | 5:53 | 0:56 |
| 塘朗 | 5:50 | 23:38 | 5:49 | 23:37 | 5:49 | 0:37 | 6:18 | 23:54 | 6:28 | 23:53 | 6:28 | 0:53 |
| 大学城 | 5:51 | 23:42 | 5:54 | 23:42 | 5:54 | 0:42 | 6:14 | 23:49 | 6:24 | 23:49 | 6:24 | 0:49 |
| 西丽 | 5:49 | 23:45 | 5:56 | 23:44 | 5:56 | 0:44 | 6:12 | 23:47 | 6:22 | 23:46 | 6:22 | 0:46 |
| 留仙洞 | 5:51 | 23:47 | 5:50 | 23:46 | 5:50 | 0:46 | 6:09 | 23:45 | 6:20 | 23:44 | 6:20 | 0:44 |
| 兴东 | 5:51 | 23:50 | 5:54 | 23:50 | 5:54 | 0:50 | 6:06 | 23:42 | 6:16 | 23:41 | 6:16 | 0:41 |
| 洪浪北 | 5:49 | 23:52 | 5:56 | 23:52 | 5:56 | 0:52 | 6:16 | 23:39 | 6:26 | 23:39 | 6:26 | 0:39 |
| 灵芝 | 5:51 | 23:54 | 5:58 | 23:54 | 5:58 | 0:54 | 6:14 | 23:38 | 6:24 | 23:37 | 6:24 | 0:37 |
| 翻身 | 5:50 | 23:57 | 6:00 | 23:56 | 6:00 | 0:56 | 6:11 | 23:35 | 6:22 | 23:35 | 6:22 | 0:35 |
| 宝安中心 | 5:52 | 23:59 | 6:02 | 23:58 | 6:02 | 0:58 | 6:10 | 23:33 | 6:20 | 23:33 | 6:20 | 0:33 |
| 宝华 | 5:53 | 0:00 | 6:04 | 0:00 | 6:04 | 1:00 | 6:08 | 23:31 | 6:18 | 23:31 | 6:18 | 0:31 |
| 临海 | 5:55 | 0:02 | 6:05 | 0:01 | 6:05 | 1:01 | 6:06 | 23:30 | 6:17 | 23:29 | 6:17 | 0:29 |
| 前海湾 | 5:58 | 0:05 | 6:08 | 0:04 | 6:08 | 1:04 | 6:04 | 23:27 | 6:14 | 23:27 | 6:14 | 0:27 |
| 桂湾 | 5:59 | 0:07 | 6:10 | 0:06 | 6:10 | 1:06 | 6:16 | 23:25 | 6:25 | 23:25 | 6:25 | 0:25 |
| 前湾 | 6:01 | 0:09 | 6:12 | 0:08 | 6:12 | 1:08 | 6:14 | 23:23 | 6:22 | 23:23 | 6:22 | 0:23 |
| 前湾公园 | 6:03 | 0:11 | 6:14 | 0:10 | 6:14 | 1:10 | 6:12 | 23:21 | 6:20 | 23:21 | 6:20 | 0:21 |
| 妈湾 | 6:06 | 0:13 | 6:16 | 0:12 | 6:16 | 1:12 | 6:10 | 23:19 | 6:18 | 23:19 | 6:18 | 0:19 |
| 铁路公园 | 6:07 | 0:15 | 6:18 | 0:14 | 6:18 | 1:14 | 6:08 | 23:18 | 6:17 | 23:17 | 6:17 | 0:17 |
| 荔湾 | 6:09 | 0:16 | 6:19 | 0:15 | 6:19 | 1:15 | 6:06 | 23:16 | 6:15 | 23:16 | 6:15 | 0:16 |
| 赤湾 | -- | -- | -- | -- | -- | -- | 6:02 | 23:13 | 6:12 | 23:13 | 6:12 | 0:13 |
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